En virion, er en komplet, fuldt udviklet, infektiøs viruspartikel, sammensat af nukleinsyre og omgivet af en proteinkappe, uden en værtscelle. Virus er klassificeret efter deres nukleinsyre og forskelle i strukturen af deres kappe.
11.2.1 Nukleinsyre
I modsætning til prokaryote og eukaryote celler, i hvilke DNA altid er det primære genetiske materiale (og RNA spiller en hjælpende rolle), kan en virus ha enten DNA eller RNA – men aldrig begge. Nukleinsyren fra en virus, kan være enkeltstrenget eller dobbeltstrenget. Der er således vira med den velkendte dobbeltstrenget DNA, med enkeltstrenget DNA, med dobbeltstrenget RNA og med enkeltstrenget RNA. Afhængigt af virus, kan nukleinsyren være lineær eller cirkulær. I nogle vira (som for eksempel influenzavirus), findes nukleinsyren i flere separate segmenter.
Procentdelen af nukleinsyre og protein er på omkring 1% for influenzavirus og cirka 50% for visse bakteriofager. Den totale mængde af nukleinsyre varierer fra et par tusinde nukleotider (eller par) til så mange som 250.000 nukleotider (E. colis kromosom består af cirka 4 millioner nukleotidpar).
11.2.2 Capsid og kappe

Nukleinsyren fra et virus, er beskyttet af en proteinkappe, kaldet capsid (figur 11.2.2.1a). Strukturen for capsidet, bestemmes i sidste ende af den virale nukleinsyre og tegner sig for det meste af massen i et virus, i sær for små vira. Hvert capsid, er sammensat af proteinunderenheder, kaldet capsomerer. I nogle vira, er proteinerne der udgør capsomererne af en enkelt type; i andre vira, kan flere typer protein være til stede. Individuelle capsomerer er ofte synlige i elektronmikrografier (se figur 11.2.2.1b for et eksempel). Arrangementet af capsomererne er karakteristisk for hver bestemte type virus.

I nogle vira, er capsidet dækket af en kappe (se figur 11.2.2.2a), der normalt består af en kombination af lipider, proteiner og kulhydrater. Nogle dyrevira udskilles fra værtscellen ved en udskillelsesproces, der dækker virussen med et lag af værtscellens plasmamembran; dette lag bliver til viruskappen. I mange tilfælde, indeholder kappen proteiner, bestemt af den virale nukleinsyre og materialer afledt fra den værtens normale cellekomponenter.
Afhængigt af virus, kan kapperne være dækket af pigge, der er kulhydrat-proteinkomplekser, der rager ud fra overfladen af kappen. Nogle vira, hæfter sig til værtsceller ved hjælp af piggene. Pigge er en sådan pålidelig egenskab, at de kan anvendes til identifikation af nogle vira. Evnen hos nogle vira, som for eksempel influenzavirus (se figur 11.2.2.2b), til at sammenklumpe røde blodlegemer er forbundet med pigge. Sådanne vira, bindes til røde blodlegemer og danner bro mellem dem. Den resulterende sammenklumpning kaldes hæmagglutinering og er grundlaget for flere nyttige laboratorieundersøgelser.
Vira, hvis capsidet ikke er omgivet af en kappe, er kendt som ikke-indkapslede vira (figur 11.2.2.1). Capsidet hos en ikke-indhyllet virus, beskytter nukleinsyren fra nuklease-enzymer i biologiske væsker og fremmer virussens vedhæftningsevne til modtagelige værter.
Når værten er blevet inficeret med en virus, stimuleres værtens immunsystem til at producere antistoffer (proteiner, der reagerer med proteiner på overfladen af virus). Denne interaktion mellem værtens antistoffer og virusproteiner, bør inaktivere virus og stoppe infektionen. Dog kan nogle vira undslippe antistofferne, fordi nogle regioner af de gener der koder for disse viras overfladeproteiner, er modtagelige for mutationer. En muteret virus, har ændrede overfladeproteiner, så antistofferne ikke er i stand til at reagere med dem. Influenzavirus gennemgår ofte sådanne ændringer i dens pigge. Det er derfor du kan få influenza mere end en gang. Selvom du måske har produceret antistoffer mod et influenzavirus, kan virus mutere og smitte dig igen.
11.2.3 Generel morfologi

Vira kan klassificeres i flere forskellige morfologiske typer, på grundlag af deres capsidstruktur. Strukturen af disse capsider, er blevet afsløret ved elektronmikroskopi og en teknik kaldet røntgenkrystallografi.
Heliske vira
Heliske vira, ligner lange stænger, der kan være stive eller fleksible. Den virale nukleinsyre, findes i et hult, cylindrisk capsid, der har en helisk struktur (se figur 11.2.3.1). De vira der forårsager rabies (hundegalskab) og Ebola hæmoragisk feber, er heliske vira.
Polyhedrale vira
Mange dyre-, plante- og bakterielle vira er polyhedrale eller mangesidede vira. Capsidet hos de fleste polyhedrale vira, er i form af en ikosaeder, en regelmæssig polyhedron med 20 trekantede flader og 12 hjørner (se figur 11.2.2.1a). Capsomererne af hver flade, danner en ligesidet trekant. Et eksempel på et polyhedralt virus i form af en ikosaeder er adenovirus (vist i figur 11.2.2.1b). En anden tyvefladet virus, er poliovirus.
Indkapslede vira
Som tidligere nævnt, er capsidet hos nogle vira omsluttet af en kappe. Indkapslede vira er generelt sfæriske. Når heliske eller polyhedrale vira er omsluttet af en kappe, kaldes de for indkapslede heliske eller indkapslede polyhedrale vira. Et eksempel på et indkapslet helisk virus er influenzavirus (se figur 11.2.2.2b). Et eksempel på et indkapslet polyhedralt (tyvefladet) virus er det humane herpesvirus.
Komplekse vira
Nogle vira, i sær bakterielle vira, har komplicerede strukturer og kaldes for komplekse vira. Et eksempel på en kompleks virus er en bakteriofag. Nogle bakteriofager har capsider, som yderligere tilknyttede strukturer (se figur 11.2.3.2a). I denne figur, kan det bemærkes at capsidet (hovedet) er polyhedralt og haleskeden er helisk. Hovedet indeholder nukleinsyren. Senere i denne del, vil vi kigge på funktionerne af de andre strukturer som for eksempel haleskeden, halefibre, bundplader og pigge. Et eksempel på en kompleks virus er koppevira, der ikke indeholder klart identificerbare capsider, men har flere lag rundt om nukleinsyren (figur 11.2.3.2b).
