Fysiske faktorer, tegner sig ikke alene for den høje resistens mod mikrobiel invasion, udvist af huden og slimhinderne. Visse kemiske faktorer, spiller også en vigtig rolle.
Talgkirtler (olie) i huden, producerer en olieagtig substans kaldet sebum, der forhindrer håret i at udtørre og blive skørt. Sebum dannes også som en beskyttende film over overfladen på huden. En af komponenterne i sebum, er umættede fedtsyrer, der hæmmer væksten af visse patogene bakterier og svampe. Den lave pH i huden, omkring pH 3 til 5, er forårsaget af den delvise sekretion af fedtsyrer og mælkesyre. Huden surhedsgrad bremser formentlig væksten af mange andre mikroorganismer.
Bakterier, der lever kommensalt på huden, nedbryder afsondrede hudceller der resulterer i organiske molekyler og deres endelige produkter af deres stofskifte danner vores kropslugt. Visse bakterier, der er almindeligt forekommende på huden, nedbryder sebum og denne metabolisme danner frie fedtsyrer, der forårsager den inflammatoriske reaktion forbundet med acne. Isotretinoin, et derivat af vitamin A, der forhindrer dannelsen af sebum, er en behandling for en meget alvorlig form for acne, kaldet cystisk acne.
Svedkirtlerne i huden, producerer sved, hvilket bidraget til at opretholde kroppens temperatur, eliminere visse former for affald og skylle mikroorganismer af overfladen af huden. Sved indeholder også lysozym, et enzym der kan nedbryde cellevægge på Grampositive bakterier og, i mindre grad, Gramnegative bakterier (se figur 3.2.3.3). Specifikt, nedbryder lysozym de kemiske bindinger i peptidoglycan og ødelægger dermed cellevæggene. Lysozym findes også i tårer, spyt, nasale sekreter, vævsvæsker og urin, hvor det udøver sin antimikrobielle aktivitet. Alexander Flemming, studerede lysozym i 1929, da han ved et uheld opdagede de antimikrobielle virkninger af penicillin.
Ørevoks, tjener ud over en fysisk barriere også som et kemisk beskyttelsesmiddel. Det er en blanding af sekreter fra kirtler der producerer ørevoks, samt talgkirtlerne der producerer sebum. Sekreterne er rige på fedtsyrer, der giver øregangen en lav pH mellem 3 og 5, der hæmmer væksten af mange patogene mikroorganismer. Ørevoks indeholder også mange døde celler fra foringen af øregangen.
Spyt, indeholder ikke kun enzymet spytamylase der nedbryder stivelse, men også en række stoffer der hæmmer mikrobiel vækst. Disse omfatter lysozym, urea og urinsyre. Den lidt sure (pH 6,55-6,85) hæmmer også nogle mikroorganismer. Spyt indeholder også et antistof (IgA), der forhindrer mikroorganismers vedhæftning, således at de ikke kan gennemtrænge slimhinderne.
Mavesaft, er produceret af kirtler i maven. Det er en blanding af saltsyre, enzymer og slim. Den meget høje surhedsgrad af mavesaften (pH 1,2-3,0), er tilstrækkelig til at ødelægge bakterier og de fleste bakterielle toksiner, undtagen dem Clostridium botulinum og Staphylococcus aureus producerer. Men mange enteriske patogener er beskyttede af madrester og kan komme videre til tarmene via mave-tarmkanalen. I modsætning hertil, neutraliserer bakterien Helicobacter pylori mavesyre, hvorved bakterien kan vokse i maven. Dens vækst initierer et immunrespons, der resulterer i gastritis og mavesår.
Vagialsekreter spiller en rolle i antimikrobiel aktivitet på to måder: Glycogen produceret af vaginale epitelceller, nedbrydes til mælkesyre af Lactobacillus acidophilus. Dette skaber en sur pH (3-5), der hæmmer mikroorganismer. Cervikalt slim har også en antimikrobiel virkning.
Urin har, udover at indeholde lysozym, en sur pH (i gennemsnit 6), der hæmmer mikroorganismer.
Senere i denne del, vil vi se på en anden gruppe af kemikalier, de antimikrobielle peptider, der spiller en meget vigtig rolle i den medfødte immunitet.