I gennemgangen af antibiotika, har vi nævnt forskellige bivirkninger. Disse kan potentielt være alvorlige, som for eksempel leverskade, nyreskader eller hørenedsættelse. Administration af næsten ethvert lægemiddel, kræver nøje vurdering af risici op mod fordele; dette kaldes det terapeutiske indeks. Nogle gange kan anvendelsen af et andet lægemiddel, forårsage toksiske virkninger der ikke forekommer, når lægemidlet tages alene. Et stof, kan også neutralisere de tilsigtede virkninger af et andet. For eksempel, er nogle antibiotika blevet rapporteret til neutralisering af virkningen af p-piller. Desuden kan nogle individer have overfølsomhedsreaktioner, for eksempel over for penicilliner.
En gravid kvinde, bør kun tage de antibiotika, der er klassificeres af sundhedsmyndighederne til ikke at udgøre nogle tegn for risiko for fosteret.