Når mikroorganismer måles, anvendes metersystemet. En stor fordel ved metersystemet er at enhederne relaterer til hinanden med en faktor 10. Det vis sige at 1 meter (m) er lig med 10 decimeter (dm), eller 100 centimeter (cm) eller 1.000 millimeter (mm).
Mikroorganismer måles i endnu mindre enheder, som for eksempel mikrometer og nanometer. En mikrometer (µm) er lig med 0,000001 m (10-6 m). Præfikset mikro betyder at værdien skal divideres med 1 million, eller 106. En nanometer (nm) er lig med 0,000000001 m (10-9 m). Tabel 2.1.1 viser nogle af de almindeligste måleenheder i metersystemet.