Vi har tidligere set, at de metaboliske processer i mikroorganismer producerer energi fra lys, uorganiske og organiske forbindelser. Der forekommer også reaktioner i hvilke, energien anvendes til biosyntese. Med sådan en bred vifte af aktiviteter, kunne man forestille sig, at anaboliske og kataboliske reaktioner, opstår uafhængigt af hinanden i tid og rum. Faktisk er anabole og kataboliske reaktioner sluttet til hinanden, gennem en gruppe af fælles mellemprodukter (identificeres som vigtige mellemprodukter i figur 4.11.1). Både anaboliske og kataboliske reaktioner deler også nogle metaboliske reaktionsveje, som for eksempel Krebs’ cyklus. Reaktionerne i Krebs’ cyklus deltager ikke kun i oxidationen af glucose, men producerer også mellemprodukter, der kan omdannes til aminosyrer. Metaboliske veje, der fungerer i både anabolisme og katabolisme, kaldes amfiboliske reaktionsveje, hvilket betyder at de har dobbelt formål.

Amfiboliske reaktionsveje, danner bro for de reaktioner, der fører til nedbrydning og syntese af kulhydrater, lipider, proteiner og nukleotider. Sådanne reaktionsveje muliggør, at samtidige reaktioner kan forekomme, ved hvilken nedbrydningsprodukterne dannet i en reaktion, kan anvendes i en anden reaktion til syntese af en anden forbindelse og vice versa. Fordi forskellige mellemprodukter, er fælles for både anabolske og katabolske reaktioner, findes der mekanismer der regulerer syntese- og nedbrydningsvejene og som tillader disse reaktioner at forekomme samtidigt. En sådan mekanisme involverer anvendelsen af forskellige coenzymer for modsatrettede reaktionsveje. For eksempel er NAD+ involveret i anabolske reaktioner. Enzymer kan også koordinere anabolske og katabolske reaktioner, ved at fremskynde eller hæmme hastighederne for biokemiske reaktioner.
Energioplaget i en celle, kan også påvirke hastighederne af de biokemiske reaktioner. For eksempel, hvis ATP begynder at ophobe sig, får feedback inhibering til et enzym, glycolyse til at lukke ned; denne kontrol hjælper med at synkronisere hastighederne for glycolysen og Krebs’ cyklus. Så hvis forbruget af citronsyre stiger, enten på grund af et krav om mere ATP eller fordi anabolske reaktionsveje dræner mellemprodukterne fra Krebs’ cyklus, kan glycolysen accelerere og dermed opfylde efterspørgslen.