Vores behandling af energiproduktionen har understreget oxidation af glucose, som det vigtigste energiforsynende kulhydrat. Men mikroorganismer oxidere også lipider og proteiner og oxidationen af alle disse næringsstoffer er relaterede.
Som tidligere nævnt, er fedtstoffer, lipider der består af fedtsyrer og glycerol. Mikroorganismer producerer ekstracellulære enzymer, kaldet lipaser, der nedbryder fedtstoffer til deres fedtsyre- og glycerol-bestanddele.
Hvert komponent metaboliseres derefter separat, se figur 4.5.1. Krebs’ cyklus virker i oxidationen af glycerol og fedtsyrer. Mange bakterier, der hydrolyserer fedtsyrer, kan bruge de samme enzymer til at nedbryde olieprodukter. Betaoxidation (fedtsyreoxidation) er en gene, når bakterierne der foretager den, vokser i en råolietank, men en fordel hvis de vokser i et olieudslip.
Proteiner er for store til at passere igennem plasmamembranen, uden hjælp. Mikroorganismer producerer ekstracellulære proteaser og peptidaser, enzymer der nedbryder proteiner i deres aminosyrebestanddele, der så kan krydse plasmamembranen. Men før aminosyrer kan kataboliseres, skal de enzymatisk omdannes til andre stoffer, der kan indtræde i Krebs’ cyklus. En sådan konvertering, der kaldes deaminering, er hvor aminogruppen i en aminosyre, fjernes og omdannes til en ammoniumion (NH4+), der kan udskilles fra cellen. Den tilbageværende organiske syre, kan indtræde i Krebs’ cyklus. Andre omdannelser involverer decarboxylering (fjernelsen af –COOH gruppen) og afsvovling (fjernelse af –SH gruppen).
Et resumé af de indbyrdes forhold i kulhydrat-, lipid- og proteinkatabolisme er vist i figur 4.5.2.
