De fleste smitsomme materialer, som pus, spyt og urin, indeholder flere forskellige slagt bakterier; ligeledes gør prøver af jord, vand eller mad. Hvis disse materialer udspredes på en fast plade af dyrkningsmedie, vil kolonier dannes, som er nøjagtige kopier af den oprindelige mikroorganisme. En synlig koloni består teoretisk i en enkelt spore, eller vegetativ celle fra en gruppe af samme mikroorganismer, knyttet til hinanden i klumper eller kæder. Et skøn siger, at kun cirka 1% af bakterierne i et økosystem producerer kolonier ved konventionelle dyrkningsmetoder. Mikrobielle kolonier, har ofte et karakteristisk udseende, der adskiller en mikroorganisme fra en anden. Se figur 5.3.5.2. Bakterierne skal spredes bredt nok til, at kolonierne er synligt adskilt fra hinanden.
De fleste bakteriologiske arbejder, kræver rene kulturer, eller kloner, af bakterier. Isoleringsmetoden, der er den mest almindeligt anvendte metode, til at få rene kulturer, er udstrygningsmetoden vist på figur 5.4.1. En steril podenål, dyppes i en blandingskultur, der indeholder mere end en type bakterier og udstryges i et mønster på en fast dyrkningsmedie. Ved at gøre som vist i figur 5.4.1 opnås at de sidst udstrøgne bakterier, ligger langt nok fra hinanden, til at danne isolerede kolonier. Disse kolonier kan så hentes af dyrkningsmediet med en podenål og overføres til et reagensglas med næringsmedie til dannelse af rene kulturer, der kun indeholder en type bakterier.
Denne metode fungerer godt, når den mikroorganisme der skal isoleres er til stede i et stort antal i forhold til den samlede mængde af bakterier i en blandet prøve. Men hvis den mikroorganisme der skal isoleres, kun er til stede i et lille antal, skal dens antal først forøges ved selektiv berigelse, før denne metode kan anvendes.