Der vil altid være bekymringer omkring sikkerheden ved nye teknologier og genetisk modifikation og bioteknologi er helt sikkert ingen undtagelse. En årsag til dette problem, er at det næsten altid er umuligt at bevise, at noget er sikkert under alle tænkelige forhold. Folk frygter, at de teknikker der kan ændre en mikroorganisme eller plante, for at gøre dem anvendelige for mennesker, også uforvarende gør dem sygdomsfremkaldende hos mennesker, eller på anden måde farlige over for levende organismer, eller de ville kunne skabe en økologisk katastrofe. Derfor, skal laboratorier der arbejder med rDNA forskning, opfylde nogle strenge standarder og kontroller, for at undgå et utilsigtet udslip af genetisk modificerede organismer til miljøet, eller menneskers eksponering for infektion med genmodificerede organismer. For at reducere risikoen yderligere, sletter mikrobiologer der arbejder med gensplejsning, visse gener fra mikroorganismernes genomer, der er afgørende for at de kan vokse i miljøer uden for laboratoriet. Genetisk modificerede organismer bestemt til brug i miljøet (i landbruget for eksempel), kan konstrueres til at indeholde et ”selvmordsgener” – der er gener der til sidst tændes for at producere et toksin, som dræber mikroorganismerne og dermed sikrer, at de ikke vil overleve i miljøet meget længere en den tid det tager dem at udføre deres opgaver.
De spørgsmål til sikkerheden i bioteknologi brugt i landbruget, ligner dem der vedrører kemiske pesticider; toksicitet for mennesker og andre arter. Selvom de ikke har vist sig at være skadelige, har genetisk modificerede fødevarer ikke vist sig populære hos forbrugerne. I 1999, bemærkede forskere, at mennesker kan udvikle allergi over for Bacillus thuringiensis (Bt) toksin, efter at have arbejdet i områder der blev sprøjtet med insektgift. Og en undersøgelse i Iowa viste, at kålormen Monarch, i larvestadiet kunne blive dræbt af at indtage vindbårne pollen der bar på Bt, når det landede på ormenes normale fødeemner. Nytteplanter kan modificeres genetisk til herbicidresistens, så marker kan sprøjtes for at fjerne ukrudt, uden at dræbe nytteplanten. Hvis de modificerede planter er i stand til at bestøve beslægtede ukrudtsplanter, kunne ukrudtet blive resistente over for herbiciderne, hvilket gør det vanskeligere at kontrollere de uønskede planter. Et ubesvaret spørgsmål er, om udsætning af genetisk modificerede organismer vil kunne ændre evolutionen hos vilde arter, ved at overføre deres gener til disse arter.
Udviklingen af disse teknologier, rejser også en række etiske spørgsmål. Genetisk testning for sygdomme bliver rutine. Hvem skal have adgang til disse oplysninger? Skal arbejdsgiverne have ret til at kende resultaterne af sådanne tests? Hvordan kan vi være sikre på, at disse oplysninger ikke vil blive brugt til at diskriminere visse grupper? Skal individer have at vide, at de vil få en uhelbredelig sygdom? Hvis ja, hvornår?
Genetisk rådgivning, der giver råd og vejledning til potentielle forældre med en slægtshistorie af en genetisk sygdom, bliver stadig vigtigere i overvejelsen om hvorvidt man ønsker at få børn.
Der er formentlig lige så mange skadelige anvendelser af en ny teknologi, som der er nyttige. Det er særligt let at forestille sig, at DNA teknologi anvendes til nye og kraftige biologiske våben. Hertil kommer, at fordi sådanne forskningsindsatser udføres under tophemmelige betingelser, er det næsten umuligt for offentligheden at lære noget om dem.
Måske mere end de fleste andre nye teknologier, giver molekylær genetik løfte om, at kunne påvirke menneskers liv på tidligere utænkelige måder. Det er vigtigt, at samfundet og enkeltpersoner for alle muligheder, for at forstå de potentielle konsekvenser af disse nye udviklinger.
Ligesom med opfindelsen af mikroskopet, medfører udviklingen af DNA teknikker gennemgribende ændringer i videnskaben, landbruget og i menneskers sundhed. Med denne teknologi der kun er lidt over 30 år gammel, er det vanskeligt at forudsige hvilke ændringer der vil forekomme. Det er dog sandsynligt, at inden for de næste 30 år, vil mange af de behandlinger og diagnostiske metoder der omtales her, være erstattet af langt mere kraftfulde teknikker baseret på evnen til at manipulere DNA meget mere præcist, end man kan i dag.