Kapitelresumé |
8. Introduktion
- Taksonomi er videnskaben om klassificering af organismer. Målet er at vise relationer mellem organismer.
- Taksonomi tilvejebringer også et middel til at identificere organismer.
8.1 Studiet af fylogenetiske relationer
- Fylogeni, er den evolutionære historie for en gruppe af organismer.
- Det taksonomiske hierarki viser evolutionære eller fylogenetiske forhold mellem organismer.
- Bakterier blev udskilt til riget Prokaryotae i 1968.
- Levende organismer blev inddelt i fem riger i 1969.
8.1.1 De tre Domæner
- Levende organismer klassificeres i øjeblikket i tre domæner. Et domæne kan opdeles i riger.
- I dette system tilhører planter, dyr og svampe, domænet Eukaryota.
- Bacteria (med peptidoglycan) danner et andet domæne.
- Arkæer (med usædvanlige cellevægge), er placeret i domænet Archaea.
8.1.2 Et fylogenetisk stamtræ
- Organismer, grupperes i taksa, efter fylogenetiske relationer (fra en fælles forfader).
- Nogle af oplysningerne for eukaryote relationer, opnås gennem fossile fund.
- Prokaryote relationer, bestemmes af rRNA sekventering.
8.1.3 Videnskabelig nomenklatur
- Ifølge den videnskabelige nomenklatur, er hver organisme tildelt to navne, kaldet et binomial: en slægt og et specifikt tilnavn, eller artsnavn.
8.1.4 Det taksonomiske hierarki
- Eukaryot art, er en gruppe af organismer, der kan krydses med hinanden, men ikke formerer sig med individer af en anden art.
- Lignende arter er grupperet i en slægt; lignende slægter er grupperet i en familie; familier i ordner; ordner i klasser; klasser i rækker; rækker i riger og riger i domæner.
8.1.5 Klassifikation af prokaryoter
- Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology er standardhenvisningen for bakteriel klassificering.
- En gruppe af bakterier afledt af en enkelt celle, kaldes en stamme.
- Nært beslægtede stammer udgør en bakterieart.
8.1.6 Klassifikation af eukaryoter
- Eukaryote organismer, kan klassificeres i rigerne Fungi, Plantae eller Animalia.
- Protister, er for det meste encellede organismer; disse organismer bliver i øjeblikket knyttet til riger.
- Fungi er absorberende kemoheterotrofer, der udvikles fra sporer.
- Multicellulære fotoautotrofer, er placeret i riget Plantae.
- Multicellulære heterotrofer, der indtager føde (gennem en mund af en slags) er klassificeret som Animalia.
8.1.7 Klassifikation af virus
- Virus er ikke placeret i et rige. De er ikke sammensat af celler og kan ikke vokse uden en værtscelle.
- En viral art, er en population af virus med lignende karakteristika, som indtager en særlig økologisk niche.
8.2 Metoder til klassifikation og identifikation af mikroorganismer
- Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology er standardhenvisningen for laboratorieidentifikation af mikroorganismer.
- Morfologiske karakteristika er nyttige til identifikation af mikroorganismer, især når der bruges differentialfarvning til hjælp.
- Tilstedeværelsen af forskellige enzymer, der bestemmes ved biokemiske tests, kan anvendes til at identificere bakterier og gær.
- Serologiske tests, der involverer mikroorganismers reaktioner med specifikke antistoffer, er nyttige til bestemmelse af identiteten af stammer og arter, samt relationer mellem mikroorganismer. ELISA og Western blotting, er eksempler på serologiske tests.
- Fagtypning, er identifikationen af bakteriearter og stammer, ved at bestemme deres følsomhed over for forskellige fager.
- Fedtsyreprofiler, kan anvendes til at identificere nogle organismer.
- Flowcytometri måler fysiske og kemiske egenskaber af celler.
- Procentdelen af GC basepar i cellers nukleinsyre, kan anvendes til klassificering af organismer.
- Antallet og størrelsen af DNA fragmenter, eller DNA fingeraftryk, fremstillet af restriktionsenzymer, anvendes til at bestemme genetiske ligheder.
- Nukleinsyreamplifikationstests (Nucleic Acid Amplification Tests eller NAATs), kan anvendes til at amplificere en lille mængde DNA i en prøve. Tilstedeværelse eller identifikation af en organisme, er indikeret af amplificeret DNA.
- Enkeltstrenge af DNA eller DNA og RNA fra beslægtede organismer, vil indgå hydrogenbindinger til dannelse af et dobbeltstrenget molekyle; denne binding kaldes nukleinsyrehybridisering.
- Southern blotting, DNA chips og Fluorescerende In Situ Hybridisering (FISH), er eksempler på nukleinsyrehybridiseringsteknikker.
- Sekvensen af baser i ribosomalt RNA, kan anvendes til klassificering af organismer.
- Diktome nøgler, bruges til identifikation af organismer. Kladogrammer viser fylogenetiske relationer mellem organismer.